يعتبر تدريب الطلاب في المستشفيات المتعاقدة مع معاهد هجر من أولويات الخطة الدراسية التي تقسم إلى قسمين الدراسة النظرية في المعهد لمدة أربعة أيام بالأسبوع والتدريب العملي في المستشفى لمدة يومين بالأسبوع بالنسبة للمستوى الثالث والرابع وقد تم التعاقد مع كبرى المستشفيات التي تحقق المعايير التي تعتمدها الهيئة السعودية للتخصصات الصحية  والتي تنطبق عليها شروط الجودة والمواصفات العالمية للتعليم والتدريب الصحي..وهناك مدربين يعملون في المستشفى ويدربون الطالب على الحالات المرضية الموجودة في المستشفى وكيفية التعامل معها في مختلف الأقسام وفق خطط مدروسة ومتابعة من قبل إدارة المعهد ومدربيه وأساتذته الذين يعطون المعلومات النظرية في المعهد ثم يتابعون الطلاب في المستشفى بالتعاون والتنسيق مع جميع المدربين التابعين للمستشفيات. وهناك تقييم مستمر لكل طالب على حدة من المدربين في المستشفى الذين يرسلون تقاريرهم إلى المشرف العام على خطة التدريب في معاهد هجر.

فترة الامتياز:

في هذه المرحلة يكون الطالب قد أنهى دراسته النظرية في معاهد هجر لمدة سنتين متواليتين لتأتي فترة الامتياز مدة ستة أشهر يتدرب الطلب فقط في المستشفى بمعدل 8 ساعات يوميا ولخمسة أيام في الأسبوع وفق خطه معدة بالتعاون مع مستشفيات الحكومة والمستشفيات الخاصة التي حازت على أعلى درجات الجودة ليكون مرخصا لها بالتدريب و يتم توزيع الطلاب على مختلف الأقسام وتجري عملية تغيير القسم كل شهر أو شهرين بحيث يمر الطالب على جميع أقسام المستشفيات ليكون مؤهلا بعد تخرجه للعمل في أي قسم وتحت أي ظرف.

وهناك مشرف التمريض الذي يتابع جميع المدربين ويتأكد من إنجاز الخطط بزيارات ميدانية إلى جميع المستشفيات الحكومية والخاصة المتعاقد معها. وهذه المستشفيات هي:

ü     مستشفى الملك فهد

ü     مستشفى الجبر

ü     مستشفى النساء والولادة

ü     مستشفى الإحساء

ü     مستشفى الموسى العام